L’impact de l’open source dans la lutte contre le COVID-19
Les instances gouvernementales, la communauté scientifique et les établissements de recherche s’appuient sur la technologie et l’innovation pour endiguer la propagation du COVID-19.
Des outils en accès libre ont été élaborés et certains font l’objet de tests continus afin de soutenir les efforts déployés pour minimiser les conséquences de ce virus dévastateur.
Un éventail d’outils open source est d’ores et déjà opérationnel, offrant aux chercheurs des ressources pour comprendre la maladie, identifier sa propagation, la prévenir et limiter ses effets et son taux de mortalité. De nombreux projets sont accessibles via l’Écosystème de l’éducation, qui détaille l’utilisation de ces divers outils.
Ce document explore certains outils et bibliothèques open source qui sont mis en œuvre pour la surveillance, la prévention et le confinement, le diagnostic et le traitement du COVID-19.
Suivi cartographique du COVID-19
En janvier, le Centre pour la science et l’ingénierie des systèmes du JHU a mis en place une carte mondiale de suivi du COVID-19. Cette carte est rapidement devenue une référence internationale en matière de données actualisées sur l’évolution de la pandémie.
Cette carte est en open source et a servi de base à des recherches et visualisations de données pour les grands médias, les petites organisations et les gouvernements locaux.
DXY-COVID-19-Crawler
Le DXY-COVID-19-Crawler fait partie des premiers projets open source développés en réponse au COVID-19 dès le mois de janvier.
Les développeurs ont utilisé les données de DXY.cn, une plateforme utilisée par les médecins chinois pour le signalement et le suivi des cas. Ils ont développé un robot d’exploration web qui récupère les données du site et les rend accessibles via une API et un entrepôt de données. Le code est disponible sur Github.
Kit de données ouvertes
Le Kit de données ouvertes (ODK) n’est pas un outil récent. Il a déjà été utilisé lors des épidémies d’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2004 et plus récemment lors de l’épidémie en République démocratique du Congo en 2019.
Il est principalement utilisé pour aider les utilisateurs à collecter, gérer et exploiter les données dans le cadre de la recherche des contacts, de la cartographie stratégique, de l’aide à la décision, de la sensibilisation communautaire et de la gestion des cas.
La communauté ODK a adapté son utilisation en réponse au COVID-19, en proposant un formulaire de signalement intégré à ses déploiements. Ce formulaire est basé sur le protocole de l’Organisation mondiale de la santé pour l’investigation des cas, la recherche des contacts et les enquêtes.
Les développeurs principaux proposent également une assistance gratuite à toute organisation ayant déployé ODK en réponse au COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain est un outil qui suit l’évolution des agents pathogènes. Il a déjà été utilisé pour établir l’arbre généalogique d’une maladie, ce qui permet de prévoir son évolution.
Il a été utilisé avec succès lors d’épidémies précédentes, telles que celle d’Ebola. Grâce aux données génétiques de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (Gisaid), Nextstrain est mobilisé pour lutter contre le COVID-19.
DHIS2
Vous avez probablement déjà entendu parler de DHIS2. Il s’agit du plus grand système d’information sanitaire au monde, utilisé dans plus de 70 pays. Dans le cadre de la lutte contre le COVID-19, DHIS2 a publié un ensemble de données numériques qui accélère la détection des infections, la notification, la surveillance et le traitement de la maladie.
L’ensemble de données numériques DHIS2 utilise des métadonnées standard conformes au protocole de l’OMS sur la définition et la surveillance des cas de COVID-19, afin de permettre un déploiement et une réponse rapides.
Pikobar Java occidental
Le Centre indonésien d’information et de coordination pour les maladies et les catastrophes est un centre de réponse aux crises créé pour atténuer et gérer la propagation du COVID-19 dans la province de Java occidental en Indonésie.
Dans le cadre de cette réponse, le service numérique Jabar a développé un outil et une application web open source qui permet aux utilisateurs d’accéder aux dernières données sur le COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS est un système de soins aux patients utilisé dans de nombreux pays en développement à travers le monde. En raison de la flexibilité du système OpenMRS, les pays dont les systèmes de santé ont été mis à rude épreuve peuvent l’utiliser pour la surveillance, le dépistage et le traitement du COVID-19.
Le système peut les aider à développer leurs capacités en leur donnant accès à des informations scientifiques sur la manière de gérer cette crise.
OpenLMIS
Le projet OpenLMIS utilise une approche communautaire pour développer un système d’information de gestion logistique open source et adaptable. Ce système vise à améliorer l’exactitude des données, à accroître la responsabilité, à améliorer l’actualité et la visibilité des données.
Le système OpenLMIS a pour objectif d’améliorer les chaînes d’approvisionnement en produits de santé, l’inventaire des ressources médicales, afin de fournir une image claire des fournitures médicales disponibles, y compris les kits de test et les EPI (équipements de protection individuelle). Cet outil peut être utilisé efficacement pour aider les décideurs à allouer des ressources en réponse au COVID-19.
Plateformes de santé
Le projet de cartographie des sites de santé mondiaux a pour objectif de cartographier chaque établissement de santé dans le monde et de rendre les informations de chaque hôpital facilement accessibles. Ces données sont mises à disposition via une API.
En collaborant avec les utilisateurs, l’équipe de healthsites.io capture et valide l’emplacement et les coordonnées de chaque établissement de santé, et rend ces données librement disponibles et accessibles sous licence open data.
SORMAS
SORMAS (Système de gestion et d’analyse de la réponse aux épidémies de surveillance) est un système de santé mobile en open source. Il a été déployé pour faciliter le contrôle des maladies ainsi que la gestion des épidémies.
Il a été déployé avec succès dans plusieurs pays, dont le Ghana, le Nigéria, le Népal et les Fidji, pour la surveillance et la détection précoce du COVID-19.
SORMAS est un système open source gratuit qui respecte les normes de protection des données.
COVID-19 à Tokyo
Contrairement à de nombreuses autres villes et administrations, le gouvernement métropolitain de Tokyo a développé un site web open source qui informe ses résidents sur le COVID-19. En étant open source, le site a bénéficié de la contribution de plus de 200 utilisateurs. Trois autres villes, Chiba, Nagano et Fukuoka, ont reproduit ce site web.
OpenELIS
L’objectif du système de santé OpenELIS est d’améliorer les soins de santé en fournissant un système de gestion des informations de laboratoire évolutif et basé sur des normes, utilisable par diverses initiatives de santé pour optimiser les options de traitement.
L’épidémie de COVID-19 a posé un défi mondial en matière de recherche des contacts et de dépistage de masse des cas suspects. Le système OpenELIS peut être utilisé efficacement dans la lutte contre le COVID-19 pour faciliter le suivi des tests de laboratoire et des résultats.
La boîte à outils de santé communautaire est un ensemble d’outils en open source ainsi que de ressources en accès libre qui visent à créer et à déployer des outils numériques à des fins de santé communautaire dans les zones difficiles d’accès.
La communauté de développeurs de Community Health Toolkit s’est mobilisée pour mettre au point des outils et des ressources destinés à aider les agents de santé communautaires à lutter contre le COVID-19.
CHIME
Le modèle d’impact hospitalier COVID-19 pour les épidémies (CHIME) est une application open source développée par des data scientists de Penn Medicine – Université de Pennsylvanie. Il s’agit d’un outil en ligne qui permet aux hôpitaux de prédire l’impact du virus sur les ressources de santé.
Il est développé à l’aide de Python et de la dépendance open source pandas.
Carte des soins COVID
La carte des soins COVID a pour objectif de répertorier les ressources de soins de santé existantes et d’anticiper les pénuries de lits d’hôpitaux, de respirateurs, de fournitures médicales et de personnel. Toutes les méthodes, les outils de traitement de données, les visualisations et le code source sont gratuits et en open source.
Le projet COVID Care Map cherche à anticiper et à agir pour mobiliser des soutiens, afin de soigner efficacement le nombre croissant d’infections au COVID-19 et de personnes nécessitant des soins intensifs.
Locale.ai
Locale.ai a développé une visualisation interactive open source de tous les cas confirmés de COVID-19 à travers le monde. Il utilise l’ensemble de données open source de l’Université John Hopkins.
Locale.ai a développé le site de visualisation COVID-19 en utilisant Vue.js, un framework populaire qui permet aux développeurs de créer des applications web modernes.
COVID-19 à travers le monde
Cette application utilise une visualisation cartographique pour suivre la propagation du COVID-19, les cas confirmés et l’évolution de la maladie dans le monde. Elle s’appuie sur les données de John Hopkins CSSE.
Traqueur de coronavirus
Il s’agit d’une application Shiny développée par John Coene. Elle suit la propagation du COVID-19 en utilisant les données de John Hopkins, les données DXY et Weixin. L’application affiche le nombre de cas suspects, confirmés et guéris par heure et par région. Le code est disponible sur Github.
Cas mondiaux de COVID-19
Cas mondiaux de COVID-19 est une application Shiny développée par Christoph Schoenenberger, qui affiche l’évolution du COVID-19 sur une carte, des graphiques, des tableaux récapitulatifs et des chiffres. Le code est disponible sur Github.
Les gouvernements et le COVID-19
Il s’agit d’une application Shiny développée par Sebastian Engel-Loup. Elle cartographie la croissance exponentielle du COVID-19, le temps de doublement des infections, les cas confirmés, le taux de mortalité et le nombre de cas confirmés pour 100 000 personnes dans différentes régions. Le code est disponible sur Github.
Conclusion
La communauté open source a réagi avec rapidité et efficacité à la pandémie de COVID-19. De nombreux projets ont été mis en place et continuent de l’être pour lutter contre la propagation de la maladie. Cet article a présenté certains de ces projets. L’évolution de la maladie dans les semaines à venir reste incertaine. D’autres projets qui peuvent s’appuyer sur les technologies open source existantes trouveront leur place dans la lutte contre cette maladie mortelle.
Soyez prudents!
Article du Dr Michael J. Garbade, PDG, Education Ecosystem